В годы гражданской войны и позднее Покров­ский оказывается во главе русской исторической науки. Он занимает пост заместителя народного комиссара (иначе говоря, министра) просвещения, а также два десятка прочих руководящих долж­ностей в академической науке. Он управляет всей архивной службой России, редактирует научные журналы и стоит во главе двух крупнейших центров науки, возникших в послеоктябрьские годы: Социалистической (с 1924 г. — Коммунисти­ческой) академии и Института Красной Про­фессуры. Специалистов-историков, вполне предан­ных новой власти, было очень немного, поэтому знания Покровского ценились высоко и требо­вались повсюду. За ним справедливо признают солидные научные и административные заслуги. Но, будучи фигурой номер один в исторической науке, Покровский выступал с предложениями, за которые его вряд ли когда-нибудь помянут добрым словом русские историки. По словам Юрия Владимировича Готье, одного из крупнейших учёных того времени, Покровский «...официально поднял  вопрос  о  продаже  некоторых  вещей  из

Эрмитажа для поддержания большевицкой казны». Известно также, что он   предлагал   «повесить   замок»   на некоторые архивы и всё внимание сосредоточить на   историко-революционных   документах,   пред­ставлявших, с его точки зрения, «ударный интерес в смысле ценности для настоящего момента».

В 20-х гг. научные взгляды Покровского были эталоном для первых советских историков. Сотни и тысячи преподавателей, учёных и сотрудников музеев, архивов, библиотек слушали его лекции, воспринимали его теории. Благодаря политиче­ским обстоятельствам на недосягаемую высоту поднят был историк блестящий — но отнюдь не из числа первостепенных. Сильными сторонами По­кровского были прекрасное знание языков, солид­ная научная школа и способность к яркому, образному изложению своих идей. Его слабые стороны состояли в склонности к схематизму и суждениям остроумным, красивым, но ничем не подтверждаемым.

Научная деятельность историка со времён вступления его в партию большевиков показывает стремление положить марксизм в основание рус­ской истории. Его крупнейший труд — «Русская история с древнейших времён». В пяти томах этого сочинения (последний из них вышел в 1915 г.) учёный старался донести до читателя азбуку марксизма: главное в истории человечества — материальные условия жизни общества. От них зависит всё остальное. Общество разделено на группы, слои, классы, каждый из которых живёт в строго определённых материальных условиях и имеет строго определённые материальные инте­ресы. Борьба общественных классов, слоёв, групп между собой за осуществление своих интересов — важнейший двигатель исторического развития. В соответствии с этими положениями была истолко­вана вся тысячелетняя история России. Издание прошло строгую государственную цензуру, из-за чего Покровскому пришлось многое переделывать. Но в первых четырёх томах сохранилось немало дерзких оценок и выпадов против царствующего дома, а также официальной внешней и внутренней политики. Эти тома вышли в свет до 1913 г., когда праздновалось 300-летие династии Романовых. В преддверии этого юбилея издание «Русской исто­рии» оказалось ложкой дёгтя в бочке мёда. Всё первое издание пятого тома, наиболее «кра­мольного», было уничтожено: Покровскому при­шлось заново переписывать том.

Уже в годы советской власти важнейшей работой историка стала «Русская история в самом сжатом очерке». Эта книга сыграла роль попу­лярного учебника для историков-марксистов 20— 30-х гг. Ознакомившись с ней, Ленин написал Покровскому, что работа ему «чрезвычайно пон­равилась». Он также советовал автору добавить к ней указатель, содержащий даты важнейших исторических событий и их оценку старой «буржу­азной» и новой марксистской наукой. Покровский сделал требуемые дополнения, и «Русская история